En el siglo XII Peñaranda fue repoblada posiblemente por gentes de Peñaranda de Duero, estos transmiten el culto a San Miguel, y al igual que en su lugar de origen también en Peñaranda construyen una primitiva Iglesia de ladrillo visto en su honor.
Debido a la situación estratégica de Peñaranda entre el cruce de caminos de Salamanca, Avila y Medina del Campo, comenzó a celebrarse un mercado que con el tiempo fue ganando prestigio.
Este mercado se consolidó de forma definitiva en 1375, cuando el Rey Don Juan I nombra a Peñaranda como Villa, protegiendo su mercado semanal. Este hecho fue fundamental para que Peñaranda, entonces Del Mercado, comenzara a crecer, consolidándose aún más con Mosén Rubí de Bracamonte y los sucesivos Señores de Peñaranda.
En el siglo XV se construyen los soportales de la Plaza de la Fuente, actual Plaza de Agustín Martínez Soler, para cobijar los puestos del mercado, y detrás de la Iglesia de San Miguel se instalan los bebederos para los animales, donde hoy en día está la calle con el mismo nombre.
Peñaranda sigue creciendo, y no parece apropiado para su categoría, la antigua iglesia de ladrillo visto, por lo cual se plantea la posibilidad de construir una nueva iglesia que sustituya al viejo templo, cosa que sucede en el siglo XVI. Tan solo se conservó de la anterior iglesia la torre de ladrillo del campanario, como vestigio de este antiguo templo románico, concebida originariamente como todas las torres para la defensa de la localidad.
El arquitecto al que se debe esta primera parte gótica no está muy claro pero todos los indicios apuntan a Vasco de la Zarza, que trabajó en la Catedral Nueva de Salamanca. Este afamado arquitecto no pudo imponer su criterio en la catedral de la capital de provincia, que era construir las tres naves de igual altura, pero si lo consiguió en la Iglesia de San Miguel de Peñaranda.
Después de pararse los trabajos por un número de años que no se pueden determinar con exactitud, se reanuda su construcción en el año 1540 con el quinto Señor de Peñaranda, Don Juan de Bracamonte. Se incluyen elementos románicos poniéndose en los muros columnas dóricas adosadas sobre pilastras, reforzadas por fuera por contrafuertes. También se construyen las cuatro imponentes columnas dóricas que separan las tres naves.
Esta espectacular iglesia-fortaleza de sillería granítica, con la antigua torre de ladrillo visto de la anterior construcción, se terminó definitivamente en el año 1590, grabándose el año sobre el dintel de la ventana rectangular del frontón.
En 1618 se contrató la talla del retablo del altar mayor a los escultores Sebastián Ducete, que falleció en 1619 antes de entregar la obra maestra, y Esteban de Rueda de Toro, al ensamblador Antonio González Ramiro de Salamanca, y a los pintores Antonio González de Castro de Salamanca y Cristóbal Ruiz de la Talaya de Zamora, que terminarían su impresionante obra en 1621.
El paso del tiempo y sobre todo varios desastres como el terremoto de Lisboa en 1753, otro terremoto 8 años más tarde, la explosión del almacén de pólvora de la Calle Bodegones en 1707, un fuego en 1892, y la explosión del polvorín en 1939, fueron deteriorando el templo. El Párroco Don Pablo Vázquez a su llegada a Peñaranda en 1941, se da cuenta del lastimoso estado de la Iglesia San Miguel y decide devolver su esplendor al templo en la medida de sus posibilidades.
Pero la noche del 7 de junio de 1971 tuvo lugar un desgraciado incendio que acabo con el impresionante retablo de la Iglesia San Miguel, una obra maestra de la escultura nacional del siglo XVII. Según el prestigioso historiador Gómez Moreno «Sus estatuas, de tamaño natural, de los apóstoles y el Bautista son de las más geniales y poderosas creaciones de la escultura patria. Se yerguen con exuberancia de vida, de pasión, de energía profunda e impetuosa, que se desborda en sus actitudes nobles y sencillas, sus rostros personalísimos, variados e inteligentes y sus amplias vestiduras, dispuestas con gallardo desenfado; además acrecienta su intensidad sugestiva el colorido, vigoroso y sobrio».
